Елена, у Вас очень хорошие, Сеошные заголовки.) Но сам текст поста довольно противоречив.
Так вот в гогле он как по маслу индексируется, сто процентов страниц под фильтром.
Если страницы проиндексированы - это хорошо. Если же они под фильтром - это плохо. Вы как то определитесь.) А то Вы это пишете так, как будто хорошо и то и другое.
Но суть проблемы понятна.
Сделайте для сайта карту сайта в двух форматах и пропишите ее в robots.txt
Посмотрите не закрыт ли сайт от индексирования.
Есть ли на сайте логическая структура навигации, а то всякое бывает.)
Проведите на сайте перелинковку.
Дайте на основные разделы сайта десяток ссылок разного формата.
Для начала это должно помочь.