Я не суперадмин, больше по железу работаю, но приходится решать комплексные проблемы. Если Windows находится в плачевном состоянии, то одними чистилками ситуацию исправишь, но не сильно. В последнее время стал активно использовать утилиту Windows Repair. Она бесплатная и скачать ее можно с оф. сайта, как инсталлятор, таки портабельную версию. Интерфейс английский, но видел в сети и русифицированные варианты.
Основное назначение - ремонт и восстановление системных файлов и настроек Windows по умолчанию.
Перед запуском программа предлагает проверить систему на вирусы, жесткий диск на ошибки, создать точку восстановления системы и бэкап реестра, но эти пункты можно и пропустить. Затем предлагается выбрать пункты, которые нужно лечить или согласиться с теми, которые программа сама выбрала:
После нажатия кнопки "Старт" появляется окно, похожее на командную строку, в котором и происходит ремонт системы:
После завершения работы нужно перезагрузиться и система будет как новенькая (почти). Стопроцентных результатов в этом деле ведь не гарантируется, о чем создатели честно предупреждают.